Der gesamte Klosterkomplex, ein Backsteinbau – die Ziegel wurden vor Ort von Italiener gebrannt - besteht aus einer zweiflügeligen Anlage aus den Jahren 1861 bis 1931. Östlich schließt die Anlage an die Kath. Kirche Mariä Empfängnis an, ein neugotischer Bau aus dem Jahre 1864.

Der von der Kirche aus gesehen sich nach Osten erstreckende Flügel wurde 1861 erbaut und 1929 nach einem Brand um ein Stockwerk erhöht.

1931 wurde am östlichen Gebäudeende ein Risalitbau mit Bodenerker angefügt.

Der zweite Flügel, vom Chor der Kirche sich nach Norden erstreckend, entstand 1911.
Der Bau erscheint nach Westen zum Dorfplatz hin dreigeschossig, nach Osten zweigeschossig.

An dem schlichten Äußeren ist im südlichen Abschnitt des 2. Obergeschosses die ehemalige Kapelle an vier spitzbogigen Fenstern deutlich ablesbar.

Die Klostergebäude bilden zusammen mit der neugotischen, ebenfalls in Sichtziegelbauweise errichteten Kirche eine markante Baugruppe, das Dorf Johannesbrunn beherrscht und damit als städtebaulich sehr bedeutend bezeichnet werden kann.

Das Innere des Gebäudes ist schlicht und jeweils durch eine zweihüftige Erschließung bestimmt. Bemerkenswert sind im Erd- bzw. Kellergeschoss des nach Norden hin gerichteten Flügels verschiedene gewölbte Räume und im 2. Obergeschoß die bereits angesprochene Kapelle mit einer Schrankenwand.

Zwar ist der Raum durch Zwischenwände nachträglich unterteilt und seine Ausstattung verschwunden, seine ursprüngliche Größe ist jedoch an den neugotischen Fensteröffnungen ablesbar, ebenso durch die Schrankenwand.
Inwieweit sich unter Verkleidungen und Übertünchungen Reste der über Photos belegten neugotischen Wandfassung erhalten haben, konnte über eine Befunduntersuchung durch einen erfahrenen Kirchenmaler geklärt werden.

Die ganze Anlage ist als Baudenkmal in der Denkmalliste des Landreises Landshut aufgeführt, wird als ein Objekt mit überörtlicher Bedeutung gesehen und auch vom Landesamt für Denkmalpflege als städtebaulich sehr bedeutend anerkannt.