In den Tälern des Hügellandes liegt über alluvialen Talfüllungen eine Deckschicht aus Abschwemmaterial. Die jungen sandigen bis schluffig-lehmigen Talsedimente sind in der Regel ohne Kiesanteil. Unter dem Einfluß eines hohen Grundwasserstandes entwickelten sich daraus verbreitet schlammige bzw. schlickige Böden. Die alluvialen Böden der Hügellandtäler wurden zumindest früher überwiegend als Grünland genutzt. Die meist westexponierten steilen Hänge sind gekennzeichnet durch Böden aus Ablagerungen der Oberen Süßwassermolasse. Bei diesem Tertiärmaterial handelt es sich um hochdurchlässige Sedimente unterschiedlicher Zusammensetzung. Entsprechend der differenzierten Eigenschaften der zutage tretenden Molasseablagerungen ergibt sich auch ein kleinräumiger Wechsel der Böden. Leitboden ist eine lehmig-sandige, mittel- bis tiefgründige Braunerde. Davon ausgehend gibt es zahlreiche Übergänge in Richtung trockenem, sauren Boden bzw. saurem Stauwasserboden. An Hangwasseraustritten kommt es zur Ausbildung von Quellengleyen. Die Standorte der steilen Hänge sind trocken bis mäßig frisch und werden überwiegend waldbaulich genutzt.

Das Isar-Inn-Hügelland war von Natur aus mit einem Labkraut-Eichen-Hainbuchenwald bzw. ein Erlen-Eschen-Auwald bewaldet. Durch die Siedlungstätigkeit des Menschen wurde der Wald in die heutigen Fichtenbestände umgewandelt, in denen die Tanne stärker und die Buche in geringem Maße beigemischt ist. Der Boden-Leittyp der flachen, in der Regel ostexponierten und lößüberdeckten Hänge ist eine Parabraunerde aus Löß einschließlich ihrer verschiedenen Erosionsstadien. Die überwiegend ackerbaulich genutzten Böden zeichnen sich durch ein hohes natürliches Ertragspotential und eine hohe Wasserspeicherfähigkeit für pflanzenverfügbares Wasser aus. Staunässe in größerem Umfang ist selten. Allerdings kommt es am Fuß dieser Hänge zur Ausbildung mehr oder weniger stark verschlammten Übergangsbereichen zum angrenzenden Flachrelief.